Hvert omvendt osmosesystem vil bli forurenset og trenger rengjøring. Fordi det vanligvis ikke bare er én forurensning når forurensning oppstår, inkluderer den typiske renseprosessen vanligvis to trinn: lav pH-rengjøring og høy pH-rengjøring.
Ulike forurensninger bør rengjøres med forskjellige rengjøringsmidler. Alkalisk rengjøring brukes hovedsakelig for å fjerne mikroorganismer eller organiske forurensninger, og syrerens brukes hovedsakelig for å fjerne avleiring. Rengjøringsmidlet bør velges i henhold til type forurensninger og type membran for å unngå skade på membranen.
Brukssekvensen for rengjøringsmidler bør bestemmes i henhold til de faktiske problemene. Den vanlige rengjøringssekvensen er syrevask først, og deretter alkalisk vasking.
I noen tilfeller, hvis forurensningen hovedsakelig er organisk materiale eller mikroorganismer, kan alkalivasking utføres først, etterfulgt av syrevasking og deretter alkalivask.
Den viktige grunnen til å ta alkalisk vask som siste trinn er at den kan åpne membranporene helt etter beising, for å gjenopprette vannproduksjonsstrømmen.
