Membransystemet er basert på kontinuerlig drift som designgrunnlag, men i faktisk drift vil det alltid være en viss hyppighet av oppstart og nedleggelse.
Når membransystemet er stengt ned, må permeatvannet eller forbehandlet vann brukes til lavtrykksspyling for å erstatte det konsentrerte vannet med høy konsentrasjon, men inneholder skalahemmer fra membranelementet. Det bør også treffes tiltak for å forhindre at vann lekker ut av systemet og introduserer luft, da det kan være et irreversibel tap av permeatfluks hvis elementet mister vann og tørker ut.
Hvis nedetiden er mindre enn 24 timer, er det ikke nødvendig med tiltak for å forhindre mikrobiell vekst. Men hvis nedetiden overstiger de ovennevnte bestemmelsene, bør beskyttelsesvæske brukes til systembevaring, eller membransystemet skal skylles regelmessig.
